成分上

黑曜石是火成岩的一种，主要成分是二氧化硅，属于非纯晶质的水晶宝石。而黑玛瑙的主要成分也是二氧化硅，质地很纯的黑玛瑙往往显现出灰色，市场上的黑玛瑙多是经过加热处理的。黑玛瑙由于只是经过加热处理而没有经过其他的诸如添加其他非天然的物质的处理，不容易褪色，所以在区分黑玛瑙和黑曜石的时候，有一定的难度。

纹理方面

黑曜石的表面有天然的条纹，有些或许有斑点，另外有些黑曜石有些条纹会呈现椭圆形状，有些像是猫的眼睛，即俗称的单眼黑曜或是双眼黑曜。黑玛瑙表面的纹理没有黑曜石那么明显的椭圆形状，有些少部分的天然玛瑙中存在着结晶状态的纹理，如条带状、斑点状。

硬度

黑玛瑙的硬度要大于黑曜石，可以通过测量其的硬度来鉴别他们

医疗功效

黑曜石可以吸收负面能量、辟邪的作用；黑玛瑙是佛教七宝之一，是古代财富的象征，它具有一定的医疗康复作用，长期佩戴黑玛瑙可以有效的改善人体的机能增强人的身体素质。